او از پنج سالگی فوتبال خودش را در تیم گراندولی آغاز کرد؛ تیمی که پدرش در آن زمان مربیش بود. او در سال ۱۹۹۵ به “نیو ولز اولد بویز” رفت تیمی که در همان شهر روزاریو قرار داشت. در سن ۱۱ سالگی تشخیص داده شد که مسی با کمبود هورمون رشد مواجه است. ریور پلاته به پیشرفت مسی علاقه نشان داد اما پول کافی برای پرداخت هزینههای درمان بیماری مسی که ۹۰۰ دلار در ماه بود، نداشت.
بعد از حضور مسی در بارسلونا سایت فیفا بعد از بازیهای درخشان او وی را به عنوان تکنیکی ترین بازیکن تاریخ فوتبال و همچنین جادوگر توپ و زمین نامید. بازیکنی که بر اساس آمارها او را مغز متفکر فوتبال مینامند و بسیاری از کارشناسان میگویند وی قادر است در مصاف با پنج بازیکن اطرافش بهترین تصمیم برای عبور از آنهارا بگیرد. آمارهایی که بسیاری از بازیکنان هم دوره اوچون کاکا و کریستیانو رونالدو از دستیابی به آن بازماندند.
مسی اولین بازی رسمیش را در ترکیب اصلی بارسلونا در ۱۶ نوامبر ۲۰۰۳ زمانی که ۱۶ سال و ۱۴۵ روز داشت در دیداری دوستانه مقابل پورتو انجام داد. کمتر از یک سال بعد، در ۱۶ اکتبر ۲۰۰۴، فرانک ریکارد، مسی را در بازی مقابل اسپانیول به میدان فرستاد تا اولین بازیش را در لالیگا انجام دهد (در حالی که ۱۷ سال و ۱۱۴ روز سن داشت). او تاکنون سومین بازیکن جوان بارسا است که در لالیگا بازی کردهاست. وقتی لیونل اولین گل خود را برای باشگاه در برابر آلباسته در تاریخ ۱ مه ۲۰۰۵ بهثمر رساند، تنها ۱۷ سال و ده ماه و هفت روز سن داشت و همین هم باعث شد که جوانترین گلزن تاریخ بارسلونا در لالیگا شود. البته تا زمانی که کرکیچ با گل زدن روی پاس گل مسی در سال ۲۰۰۷ این رکورد را شکست
در ژوئن ۲۰۰۴، او به تیم ملی زیر ۲۰ سالههای آرژانتین برای دیداری دوستانه مقابل پاراگوئه دعوت شد. او در سال ۲۰۰۵ یکی از اعضای تیم ملی جوانان آرژانتین در جام جهانی جوانان بود که در هلند قهرمان آن مسابقات شدهبودند. او در آن مسابقات بهترین بازیکن و همچنین بهترین گلزن آن مسابقات شد.
او سپس دومین بازی خود را برای آرژانتین در برابر پرو انجام داد. پس از بازی، پکرمن مسی را همانند «جواهر» توصیف کرد.